Seton gặp người sáng lập ra phong trào Hướng đạo là Robert Baden-Powell năm 1906. Baden-Powell đã đọc sách của Seton là The Birch Bark Roll of the Woodcraft Indians (Văn bản Võ cây Birch của người bản thổ Mỹ thạo kỹ năng rừng) và rất là thích thú với quyển sách đó. Hai người gặp mặt và chia sẻ ý tưởng. Baden-Powell tiến hành thành lập phong trào Hướng đạo toàn thế giới, và Seton trở thành nhân vật quan trọng trong việc thành lập Nam Hướng đạo Mỹ và là Hướng đạo trưởng đầu tiên của hội. Hội Woodcraft Indians của ông là một tổ chức thanh thiếu niên, kết hợp với Hướng đạo (sau nhiều lần thử nghiệm với Hiệp hội Thanh niên Cơ Đốc (YMCA) và các tổ chức khác) và với Con trai của Daniel Boone của Daniel Carter Beard để thành lập Nam Hướng đạo Mỹ. Công trình của Seton và Beard là phần chính cơ bản của phong trào Hướng đạo Truyền thống.[4]

Seton là Hướng đạo trưởng của Nam Hướng đạo Mỹ từ 1910-1915 và công việc của ông phần lớn tạo nhiều ảnh hưởng văn hóa người bản thổ Mỹ trong Nam Hướng đạo Mỹ. Tuy nhiên, ông có nhiều tranh cãi lớn về triết lý và cá nhân với Beard và James E. West.

Ngoài những tranh cãi về nội dung đóng góp của Seton vào Sách chỉ nam cho Nam Hướng đạo, những xung đột khác cũng bộc phát như việc hoạt động bầu cử của vợ ông là Grace và tư cách công dân Vương quốc Anh của ông. Vấn đề tư cách công dân của ông nổi lên vì vị trí cao của ông trong Nam Hướng đạo Mỹ, và phân hội liên bang mà West đang nỗ lực thành lập cho Nam Hướng đạo Mỹ lại yêu cầu ban ủy viên thường vụ phải là công dân Mỹ. Seton thảo thư từ chức vào ngày 29 tháng 1 năm 1915 nhưng đã không gởi nó đến Nam Hướng đạo Mỹ cho đến tháng 5.[5]

Seton là một nhà văn tiên phong của trường phái tiểu thuyết hiện đại về loài vật. Tác phẩm nổi tiếng nhất của ông là Wild Animals I Have Known (Những con vật hoang mà tôi từng biết) được xuất bản vào năm 1898 và liên tiếp được tái bản.

Năm 1931 ông trở thành một công dân Hoa Kỳ. Ông mất tại Làng Seton, New Mexico năm 1946, hưởng thọ 86 tuổi. Seton được hỏa táng tại Albuquerque. Năm 1960, để vinh danh sinh nhật lần thứ 100 của ông và 350 năm của thành phố Santa Fe, con gái của ông là Dee và cháu là Seton Cottier (con trai của Anya) rải tro của ông từ máy bay xuống Làng Seton.[6]

Trại hướng đạo Philmont có Thư viện và Bảo tàng Tưởng niệm Seton tọa lạc trong đó. Lâu đài Seton tại Santa Fe mà Seton xây và là nơi cư ngụ cuối cùng của ông có chứa nhiều món đồ vật của ông. Trong lúc Lâu đài Seton được trùng tu năm 2005, nó bắt lửa và cháy rụi. Tuy nhiên, tất cả các tác phẩm nghệ thuật, giấy viết tay, sách,... đã được di chuyển và cất giữ trước khi công viêc trùng tu bắt đầu.[7]